دانشکده علوم پزشکی بقیّةالله طبق ماده 1 اساسنامه دانشگاه، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در شصت و ششمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی در مورخ 22/10/72 با تشکیل دانشگاه علوم پزشکی سپاه موافقت نمود.       مراتب طی گردشکار شماره 32318 مورخ 14/2/73 به محضر فرماندهی معظم کل قوا تقدیم شد و معظم‌له در تاریخ 17/12/73 با تشکیل دانشگاه علوم پزشکی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی موافقت و مقرر داشتند «در اساسنامه، ضوابط دقیق و متینی برای مشغول نشدن سپاه به داوطلبان پزشکی غیر نظامی حتماً پیش‌بینی شود. جنبه‌ی نظامی دانشگاه به صورت قابل قبولی تضمین شود.» به این منظور دانشگاه علوم پزشکی بقیه‌الله(عج) به عنوان یکی از مراکز آموزش عالی سپاه و با هویت نظامی تأسیس گردید و از تاریخ تصویب اسانامه وظایف قانونی خود را بر حسب مقررات انجام می‌دهد.   رشته- مقظع‌های ارائه شده: مقطعرشتهدانشکده متولیاولین سال پذیرشتوضیحات دکتری تخصصیاستخوان و مفاصلپزشکی1377- دکتری تخصصیبیهوشیپزشکی1371- دکتری تخصصیجراحی عمومیپزشکی1375- دکتری تخصصیداخلیپزشکی1377- Ph.D.فیزیولوژیپزشکی1378- دکتری حرفه‌ایپزشکیپزشکی1371- کارشناسی ارشدانگل‌شناسیپزشکی1371- کارشناسی ارشدفیزیولوژیپزشکی1371- کارشناسی ارشدآناتومیپزشکی1371- کارشناسی ارشدپرستاریپرستاری1373با دو گرایش مدیریت پرستاری و داخلی جراحی کارشناسیپرستاریپرستاری1366- کارشناسیمدیریت خدمات بهداشتی درمانیبهداشت1376- کارشناسی ناپیوستهپرستاریپرستاری1367- کارشناسی ناپیوستهبهداشت محیطبهداشت1370- کاردانیرادیولوژیپزشکی1373- کاردانیعلوم آزمایشگاهیپزشکی1368- کاردانیبهداشت محیطبهداشت1365- کاردانیبهداشت عمومیبهداشت1373- کاردانیبهداشت حرفه‌ایبهداشت1376- کاردانیهوشبریپرستاری1365- کاردانیاتاق عملپرستاری1365-     بیمارستان‌های آموزشی تحت پوشش دانشگاه: ردیفبیمارستان/ مرکزسال تأسیستخت فعالرشته‌های آموزشی 1مرکز آموزشی درمانی بقیه‌الله(عج)1363575داخلی، داخلی اعصاب، قلب، جراحی، جراحی مغیز و اعصاب، کودکان، زنان و زایمان، چشم‌پزشکی، گوش و حلق و بینی، جراحی استخوان و مفاصل، جراحی کلیه و مجاری ادراری- تناسلی، روانپزشکی،‌پوست، عفونی، بیهوشی و نوزادان 2مرکز آموزشی درمانی نجمیه1359120جراحی، کودکان، زنان و زایمان       دانشکده بهداشت:       در سال 1363 تشکیلاتی با عنوان دانشکده‌ی علوم پیراپزشکی در دانشگاه امام حسین 7 دایر شد. با آغاز به کار این دانشکده گروه بهداشت نیز به عنوان یکی از گروه‌های آموزشی شروع به کار نمود و به تربیت دانشجویان پرداخت که اولین پذیرش دانشجو در رشته‌ی کاردانی بهداشت محیط بود که در سال 1365 انجام شد. با توجه به هدف گسترش فعالیت‌های آموزشی این گروه، دوره‌های کارشناسی مدیریت خدمات بهداشت، کاردانی تغذیه و بهداشت مواد غذایی در سال 1369 و دوره‌های کارشناسی ناپیوسته بهداشت محیط و کاردانی مبارزه با بیماری‌ها رد سال 1370 تأسیس شد. با پیشرفت‌های کیفی و کمی و با توجه به امکانات آموزشی منایب مانند استفاده از اعضای هیئت علمی ثابت و پاره‌وقت و پس از بررسی‌ها و بازدیدهای هیئت اعزامی از شورای گسترش دانشگاه‌ها و ارائه گزارش شورای مذکور، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در مورخ 22/10/72 با تشکیل دانشگاه علوم پزشکی سپاه به منظور آموزش و تربیت نیروهای بهداشتی با کاربری بهداشت نظامی، تربیت کادر مورد نیاز سپاه و همچنین انجام تحقیقات کاربردی درامر بهداشت نظامی موافقت به عمل آورد. نهایتاً، دانشکده‌ی بهداشت فعالیت خود را رسماً از سال 1373 آغاز کرد. آزمایشگاه‌ها:       1- آزمایشگاه بهداشت محیط       2- آزمایشگاه بهداشت مواد غذایی       3- آزمایشگاه بهداشت حرفه‌ای دانشکده پزشکی:       این دانشکده که تا سال 1373 با نام دانشگاه علوم پزشکی سپاه شناخته می‌شد، در زمینی به مساحت 3200 متر مربع بنا شده است. تشکیلات اداری و آموزشی این دانشگاه در کنار هم و داخل شهر واقعند. دانشجویان پزشکی این دانشگاه به استخدام سپاه در می‌آیند و دانشگاه دانشجوی آزاد نمی‌پذیرد. آزمایشگاه‌ها:       آسیب‌شناسی، آناتومی، بافت‌شناسی، بیوشیمی، فیزیک پزشکی، فیزیولوژی، قارچ‌شناسی و انگل‌شناسی، میکروب‌شناسی و ویروس‌شناسی و ایمنی‌شناسی دانشکده پرستاری:       این دانشکده از سال 1363 تحت نظر دانشگاه امام حسین 7 با نام دانشکده علوم پیراپزشکی امام حسین 7 با پذیرش دانشجوی کاردانی پرستاری شروع به کار کرد و در سال 1373 در هفتاد و چهارمین اجلاس شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی مورخه 1/4/73 با تأسیس دانشکده پرستاری موافقت شد. آزمایشگاه‌ها:       در دانشکده پرستاری: skill lab       در دانشکده پزشکی: تشریح، بیوشیمی، فیزیولوژی، انگل‌شناسی، ایمونولوژی و میکروب‌شناسی